On the reaction mechanism of legumain at atomistic de

  • Elsässer, Brigitta Margit, (Projektleitung)

    Projektdetails

    Beschreibung

    Im Rahmen des Projekts werden mehrere alternative Reaktionswege modelliert und die berechneten Reaktionsenergien mit dem experimentell gemessenen Wert verglichen. Dabei werden unterschiedliche Protonierungszustände für die Cys-His-Ionenpaar verwendet und verschiedene Protonentransferwege analysiert.

    Ausgehend aus der Röntgenstruktur des Legumain–Cystatin Komplexes (nach Relaxation und QM/MM-Optimierung des solvatisierten Enzym -Substrat-Komplexes) wird sowohl die Acylierung als auch die Deacylierung Schritt-für-Schritt untersucht. Dazu werden harmonische Federn eingesetzt, um die entsprechende Bindung zu brechen oder zu erzeugen. Durch diese Methode können die erwünschte Intermediate und Produktzustände modelliert werden. Anschließend wird das sogenannte „Nudged Elastic Bend“ Verfahren angewendet, um den optimierten Pfad zwischen den bereits berechneten festlegenden Zuständen zu erzeugen, und die Übergangsstrukturen zu identifizieren. Danach soll die freie Energie entlang der Reaktionskoordinaten berechnet werden, um schließlich den geschwindigkeitsbestimmenden Schritt und die Reaktionsbarriere des katalytischen Zyklus zu bestimmen.
    AkronymRML
    StatusAbgeschlossen
    Tatsächlicher Beginn/ -es Ende1/10/1530/09/17

    Systematik der Wissenschaftszweige 2012

    • 102 Informatik

    Systematik der Wissenschaftszweige 2002

    • 1915 Computerunterstützte Simulation

    Systematik der Wissenschaftszweige 2012 (6-Steller)

    • 102009 Computersimulation